(1) Transplant употребляется и как трансплантат, и как трансплантация. Здесь именно трансплантация. Клетки вводят пациенту из расчета на кг массы тела, а не в трансплантат на кг его массы. In transplant = при трансплантации.
(2) Аллогенный можно отнести как к к.мозгу, так и к трансплантации. Принятый термин - аллогенная трансплантация к.мозга (алло-ТКМ).
(3) Whole относится к bone marrow - цельный костный мозг. Это стандатный термин, как whole blood. Цельный как противоположность фракционированному.
(4) Остается unmanipulated. Нефракционированный не пойдет, поскольку уже и так указано, что цельный. "Неманипулированный" встречается, похоже, только в словарях, куда все желающие могут вставлять свои варианты. Калька с английского, причем не самая удачная с точки зрения рус. языка. Необработанный - не очень хорошо, поскольку клетки обязательно как-то обрабатывают перед введением реципиенту. Я бы написала "без дополнительной обработки".

Итог: при аллогенной трансплантации цельного костного мозга без его дополнительной обработки.