分かりにくいですね。原文の表現に問題があると思いますが、文章の流れで考えれば言いたいことは分かります。

製品の機能をアップするためにマイクロチップを上位モデルに交換したい場合、ピンの機能や命令コードがモデルごとに違っている場合、プログラムを全面的に書き換えなければなりません。ピンの機能や命令コードが同一なら、従来のプログラムの一部をそのまま使うことが出来るので便利です。

ここで言っているのは、ピンも命令コードも互換性があるので、再利用できる部分は再利用して、目的のプログラムの「肝心な部分」（新機能の実現）の作業にすぐに取り掛かることができるということだと思います。

move to the right partというのはかなり曖昧な表現だと思いますので、他の解釈もあり得るかもしれませんが、趣旨としては工数が節約できることを強調しているのだと思います。マイクロチップでは、ピンの機能がモデルによって異なることは珍しいことではないので、互換性の高さを強調したいのだと思います。